Médecin ayant commencé ses études médicales à Clermont-Ferrand, Roux y est intégré au laboratoire d'Emile Duclaux, doyen de la faculté des sciences, lui-même ancien élève de Pasteur.
Poursuivant ses études à Paris, il entre au laboratoire de Pasteur en 1878, vivement recommandé par Duclaux !
Il participe activement aux mises au point des divers vaccins dits de Pasteur, avec Chamberland et Thuillier, puis du sérum anti-diphtérique avec les succès que l'on sait.
A l'origine du développement de l'Institut Pasteur, des cours de "microbie" et de l'hôpital interne à l'Institut, il dirige cette remarquable maison de 1904 à sa mort en 1933.
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